现代植物学意义上的菊花（Chrysanthemum morifolium）是以观赏价值为标准，经过长期杂交和人工定向选择而产生的杂种混合体（hybridcultigens complex），是个多元参与，高度远缘杂交起源的人工形成物种。现在学术界认为，菊花最初起源于中国，参与起源的基本亲本原种均为国产，但是一直没法发现菊花的直接野生种。日本学者认为中国菊花演变有5000多年的历史。早期野菊的花以“黄色为正”，单瓣，花径很小。

菊花最早是作为季候植物进入人们视野的，《礼记·月令》载：“季秋之月，鞠有黄华。”《大戴礼记·夏小正》：“九月鞠荣。鞠，草也。鞠荣而树麦，时之急也。”这时候的菊还是野外的“草”，因为有明显的节令特征而受到关注，“深秋，菊开黄花”、“野菊开花，可以种麦了”，农人以它的花期作为冬麦播种期。将植物荣枯与季节月令相联系并用于指导农耕的传统从此开始。有别于其他植物的春华秋实，菊花在万物萧疏的秋日一枝独秀的自然属性，成为它基本文化内涵产生的基础。

菊花的药用食用价值也很早被古人认识，《周礼·秋官》载：“帼氏掌去蛙黾，焚牡菊，以灰洒之则死”，即用不开花的菊烧灰治虫。《神农本草经》将菊花列为上品，认为“菊花久服利血气、轻身、耐老延年”。战国时期的屈原在《楚辞》中有三处写到菊花：“朝饮木兰之坠露兮，夕餐秋菊之落英”，“春兰兮秋菊，长无绝兮终古”；“播江离与滋菊兮，愿春日以为糗芳”，其中提到了时令，并开启了文人食用菊花的先河，同时春兰秋菊并举，屈原更成为古往今来咏兰赏菊第一人。菊位居香草之列，屈原“取其香洁以合己之德”，表现出诗人对自己美好德操的培养，对高尚人格的不懈追求，古老的菊花第一次进入审美视野而且有了人格的象征含义。

《西京杂记》 《拾遗记》和《名医别录》等都有菊花药用及食用的记载，重阳节还要食菊、簪菊，以此来求长生、消灾厄，至汉代，菊花已成为普遍的菜蔬和药草。随着对菊花的了解不断深入，不同花色的菊属植物引起人们的注意，成为栽培育种的种质资源，这也意味着庭园种菊的开始，有了真正意义上的菊花，药菊和艺菊也并行发展起来，为后期菊花品种的发展奠定了群众基础。

提起菊花，一定会想到陶源明；而谈到陶渊明，也一定会想到菊花。晋代陶渊明东篱采菊未必如人们想象的那么飘逸自适，他种菊更多是为了酿酒、入药的实际功用，花和酒成为他缓解人生痛苦的寄托之物，但他对菊花的爱赏深刻影响了后人，称得上是中国菊文化的奠基者，“一自陶令评章后，千古高风说到今”，“陶菊”、“篱菊”成为后世文学作品出现频率极高的词汇。

而到了唐代，菊花已是常见的园林物种，花匠开始采用嫁接方法繁殖菊花，除黄菊以外，唐诗里还咏叹过白菊（白居易）和紫菊（李商隐）。唐代的重阳诗必然咏菊花，有的标榜清高脱俗，有的表现失意惆怅，还有的表达乡思怀远，菊文化内涵更加丰富，也大大提升了重阳节的文化地位。

宋代是菊艺飞速发展时期，南北各地均有栽培，且由露地种植发展到盆栽，出现了绿芙蓉、墨菊等稀有品种，花型有了莲座型、绣球型、托桂型等多种变化。各类菊花色、香、姿、韵俱佳，成为雅俗共赏的名贵花卉，养菊、插菊、挂菊灯、饮菊酒、食菊馔的习俗盛极一时，重阳还有“菊会”。民众世俗的审美促进了菊艺的发展，创造出精美绝伦的品种，正是有了多种观赏型的品种，士大夫阶层开始以超越功利的审美眼光来观察菊花。宋代是个封建伦理秩序高度完善、道德意识充分张扬的时代，士人追求理想人格的情绪高涨，陶渊明备受推崇，菊花从此被赋予隐逸情怀和独立人格的内涵，成为文人精神寄托的主要花卉意象之一。

明清菊花栽培技艺日趋精湛，品种齐全，现代菊花的花型基本具备，花期不再限于秋季，春菊、夏菊、寒菊也出现了。《广群芳谱》记载有约400种，诸如绿云、玉堂金马、汴梁玉翠等名菊，光听名字就觉得别致。这段时期已经认识到天然杂交在新品种培育中的作用：“秋菊枯后，将枯花堆放在腴土上,而不必埋，时以肥沃之，明年春初自然出苗收中，其色多变。”明清时期商品经济有了很大发展，花卉产业发达，菊展菊会繁荣，各地出现了不少经营性的专业菊圃。广东中山小榄镇自古就以精湛高超的菊艺著称，长盛不衰。商业文化和市民阶层兴起，菊花文化的内涵实现了儒家精英价值观念向新兴的市民价值观念的转变，正如冷成金所说：“采菊东篱’的意象具有了清雅与富足并行不悖的双重意蕴。”