文章摘要:目的 明确草果叶绿体基因组结构特征及其在姜科的进化地位。方法 利用IlluminaHiseq4000测序平台对草果叶绿体基因组进行测序，通过生物信息学分析方法进行序列组装、注释和特征分析，并以绿苞闭鞘姜为外类群，通过MEGA6软件构建ML系统发育树，分析姜科物种间系统发育关系。结果 草果叶绿体基因组全长163648bp，GC含量为36.02%，包括一对29776bp的反向重复区(IRs)、一个大单拷贝区(LSC；88741bp)和一个小单拷贝区(SSC;15255bp)；共注释得到113个基因，包括4个rRNA基因、30个tRNA基因和79个蛋白编码基因；在草果基因组中共检测到123个SSR位点，大部分SSR均由A和T组成；豆蔻属物种叶绿体基因组大小和结构相似，IR边界高度保守；聚类分析显示草果与豆蔻属的海南砂、阳春砂和绿壳砂、爪哇白豆蔻和白豆蔻亲缘关系最近；适应性进化分析发现rpl20、rps11、ccsA、clpP、ycf1和ycf2六个基因在进化过程中被正向选择。结论 本研究获得了完整的草果叶绿体基因组序列，明确了姜科物种间的亲缘关系，为研究豆蔻属植物的系统进化及物种鉴定提供科学依据。

文章关键词:姜科,草果,叶绿体基因组,系统发育,

论文作者:张薇^1,2 

作者单位:2. 红河学院生命科学与技术学院 

论文分类号: S567.239

相关文章:枸杞质量安全与病虫害防控现状及建议.....作者:何嘉